Crotta d'Adda sorge su un terrazzamento poco lontano dal punto di confluenza dell'Adda nel Po. Questa caratteristica geografica costituisce ancora oggi uno degli aspetti peculiari del paese e ne ha anche segnato la storia, che risale sicuramente a tempi molto antichi.
Il territorio, inoltre, in parte salubre ed elevato ed in parte basso e paludoso, deve aver fornito agli antichi, la possibilità di vivere, a seconda delle necessità contingenti, sia su palafitte che in grotte e che proprio da quest'ultime sembra sia derivato il nome 'Crotta', anche se oggi, non disponiamo di reperti cavernicoli, scomparsi forse a causa di bradisismi o per i frequenti alluvioni dei due fiumi Po e Adda.
Altra ipotesi dell'origine del nome Crotta è che derivi da Gherardo Crotto nobile bergamasco trasferitosi a Cremona, come riferisce lo storico Giuseppe Bresciani (1599-1670) nel suo manoscritto: 'Vico siculo da soldato di Ottaviano fu quello loco presso il fiume Adda edificato lungi dalla città venne...verso ponente.
Venuti in discordia Gherardo Crotto nobile bergamasco con i suoi fratelli fatta le divisioni dei beni patrimoniali tratta la sua porzione in denari partitori, se ne venne a Cremona dove comprò terreni a Vico siculo poi denominati Crotta in memoria di sua famiglia.
L'abbinamento al fiume Adda (anche con le variazioni del suo corso) e la rilevanza strategica della località a terrazzamenti in prossimità della confluenza fra Adda e Po costituiscono una ragione dei numerosi fatti d'arme che nel corso della storia ebbero come centro Crotta d'Adda o ne interessarono il territorio. Romani e popolazioni galliche ebbero a scontrarsi in queste zone all'atto della fondazione di Cremona (218 a.C.), mentre la successiva suddivisione dell'agro cremonese coinvolge anche i terreni crottesi e collega Crotta d'Adda con le vicende della città di Cremona.

Nel periodo successivo alla caduta dell'impero romano Crotta è Corte regia all'inizio del XI secolo il cui gastaldo risiedeva a Tencara, in seguito passa sotto l'amministrazione del Vescovo di Cremona, con ricorrenti conferme imperiali dei diritti vescovili sulle acque dell'Adda e sulle terre, mulini e porti. Nel XIII secolo, all'epoca delle autonomie comunali, i crottesi pretesero il diritto di nomina del proprio console, pur riconoscendo sempre i diritti ed i privilegi del Vescovo di Cremona. Le lotte dell'epoca medioevale coinvolgono Crotta d'Adda, nei conflitti che interessano le piazzeforti circostanti, finché nel XIV secolo, con Cremona, passa sotto il controllo dei Visconti, signori di Milano, aprendo un lungo periodo in cui le vicende politiche a più vasta scala si ripercuotono sul territorio locale.

Crotta d'Adda fin dal 1500 fu dimora del marchesato Stanga tuttora presente. Quando nella seconda metà del sedicesimo secolo, gli Stanga facevano a Crotta i loro primi acquisti, erano già stati preceduti da tanti altri patrizi cremonesi. Mercanti o professionisti di allora, che avevano accumulato denaro nei commerci, od altre attività, volgevano alla coltivazione del suolo i loro guadagni a Crotta d'Adda, in particolare, data la salubrità del posto e la possibilità di potervi passare giorni di riposo, di pesca e di caccia vennero fatti diversi acquisti, da qui un maggior frazionamento del terreno ed il continuo avvicendarsi dei proprietari. Nel 1731 i possessori erano ben 153 ed i pezzi 582.
Il predominio austriaco indusse riordini censuari nell'intero Stato di Milano e portò al rilievo catastale del 1731 e del 1757, due secoli dopo il Catasto spagnolo di Carlo V, che già aveva interessato Crotta quale pertinenza. Ora, attraverso la sequenza di tali dati, si nota l'ascesa delle proprietà della famiglia Stanga, quale proprietaria terriera, in un processo d'acquisizione che troverà conferma anche nel corso dell'Ottocento.
Nel Settecento l'opera di miglioria dei fondi agrari e di regimazione idrica ottiene ulteriore aumento di terreni 'utili' con la conversione a coltivo di paludi e la sistemazione di terreni irrigui, opere proseguite sino al secolo XX. In tale contesto risulta importantissima dal punto di vista della scienza idraulica, la costruzione della Roggia Nuova Stanga o Bernardella, opera di Vincenzo Stanga, alimentata dal Naviglio Pallavicino nei pressi di Soresina, al fine di irrigare la parte alta del territorio di Crotta d'Adda. Altre vicende importanti non vi si avvertono e Crotta d'Adda si dedica al 'lavoro' sul suo territorio seguendo, passo passo, le vicende del vicino capoluogo, la città di Cremona.